Son roturas en el material genético del espermatozoide, estas roturas pueden ser de cadena sencilla o de cadena doble, también puede dañarse la integridad del ADN espermático sin romperse este por oxidación de las bases del ADN; para estudiar esta alteración espermática se realiza el examen de MACS. La fragmentación se asocia con una reducción en las tasas de fecundación y embarazo, tanto en reproducción natural, como en inseminación artificial, igualmente en la fertilización in vitro se asocia con una baja calidad embrionaria y aborto espontáneo. En Andrología el valor normal de la muestra seminal sin capacitar debe ser menor a 30 % y en la muestra capacitada, menor al 17 %.